A comprovação da segurança da urna eletrônica pode ser verificada em diversas situações, como nos testes públicos de segurança, promovidos todos os anos. Além disso, a Justiça Eleitoral submete os equipamentos à fiscalização em duas auditorias oficiais. É a chamada Auditoria de Funcionamento das Urnas Eletrônicas.

Uma delas ocorre em audiência pública, no mesmo dia da eleição. Na véspera do pleito, são sorteados, por amostragem, cinco equipamentos de todo o Estado e trazidos para o Tribunal Regional Eleitoral para a averiguação. O juiz eleitoral da localidade sorteada substitui a urna por outra que havia sido preparada com o mesmo procedimento das originais e seria utilizada em caso de contingência. Nesse mesmo dia, cédulas de papel são preenchidas por escoteiros e guardadas em uma urna de lona lacrada na presença de auditor, Ministério Público e fiscais de partido.

No dia da eleição, das 8 às 17 horas, enquanto 33 milhões de eleitores paulistas se dirigem aos mais de 10 mil locais de votação do Estado, ocorre uma votação para auditar o funcionamento dos equipamentos separados. Os votos das cédulas são lançados em computadores e também nas urnas eletrônicas. O resultado da votação deve ser o mesmo.

A segunda auditoria também é realizada no dia da eleição, em 10 seções eleitorais sorteadas na véspera. Nessa verificação, é comprovada a autenticidade e a integridade dos sistemas instalados na urna.

O boletim de urna, emitido por todas as urnas eletrônicas ao final da votação, também está ao alcance de qualquer eleitor. O documento é uma espécie de extrato que consolida os dados daquela seção eleitoral, resguardado, naturalmente, o sigilo do voto. O boletim de urna informa, por exemplo, o número de votantes e de ausentes no dia, além da votação de cada candidato, e fica disponível para consulta nos locais de votação e no site do TRE.

É importante esclarecer aos eleitores que a urna eletrônica não se conecta à  internet durante o seu funcionamento, excluindo a possibilidade de ataques de hackers no dia da eleição.

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